Les empreintes digitales sont prises dans le cadre d’une garde à vue, d’une audition libre, sur convocation des forces de l’ordre, gendarmerie ou police judicaire, souvent à l’occasion d’une enquête pour crime ou délit, des faits de violence volontaire ou d’infractions de nature sexuelle, également lors d’une enquête préliminaire ou sur commission rogatoire.
Ces prises d’empreintes sont conservées pour pouvoir les comparer à des traces retrouvées sur les lieux d’un crime ou d’un délit, et permettre la manifestation de la vérité.
Seul.e un officier de police judiciaire, ou une personne habilitée sous le contrôle d'un OPJ, peut prélever des empreintes digitales.
Le refus de se soumettre à un prélèvement constitue un délit puni d'un an d’emprisonnement et de 15 000 euros d'amende. La peine est doublée lorsque la personne est définitivement condamnée pour un crime. Cependant, une personne entendue comme témoin peut refuser de donner ses empreintes, sans conséquence.
Le Fichier automatisé des empreintes digitales (FAED) conserve pendant une période illimitée les empreintes des suspects ainsi que leur état-civil, la nature de l'affaire et les références de la procédure, dates et lieux de signalisation, des éléments de signalement, des photographies de face et de profil.
Il conserve aussi les empreintes non identifiées retrouvées sur des scènes de crimes et délits afin de les comparer avec celles de personnes identifiées et/ou poursuivies dans une autre affaire.